ปี 2541 ได้มีการตั้งเป็นฝ่ายสารสนเทศ สังกัดสำนักงานกลาง อาคารนิลุบล กุลแพทย์ ชั้น 2 โดยมีบุคลากรทั้งหมด 4 คน

ปี 2543 ได้ตั้งศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศขึ้นเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2543 ตามคำสั่งสภากาชาดไทย ที่ 646/2543 ลงวันที่ 29 กันยายน 2543 เรื่อง ตั้งศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ และโอนเจ้าหน้าที่ โดยตั้งอยู่ที่ชั้น 8 อาคารเทิดพระเกียรติ สมเด็จญาณสังวร มีบุคลากรทั้งหมด 6 คน

ปี 2551 มีการปรับโครงสร้างศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ โดยแยกเป็น 1 ฝ่าย และ 3 กลุ่มงาน ดังนี้ 1. ฝ่ายบริหารงานทั่วไป 2. กลุ่มงานแผนและพัฒนา 3. กลุ่มงานพัฒนาระบบสารสนเทศ 4. กลุ่มงานคอมพิวเตอร์และระบบเครือข่าย โดยในโครงสร้างมีอัตรากำลังทั้งหมด 21 อัตรา โดยมีบุคลากรทั้งหมด 10 คน มีผู้อำนวยการฯ และรองผู้อำนวยการฯ

ปี 2554 จนถึงปัจจุบัน ได้ย้ายมาอยู่ชั้น 10 อาคารเทิดพระเกียรติ สมเด็จญาณสังวร โดยปัจจุบันศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ มีบุคลากรทั้งหมด 20 คน รวมผู้อำนวยการฯ และรองผู้อำนวยการฯ

เมื่อตั้งศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศแล้ว เริ่มมีการใช้ระบบคอมพิวเตอร์และอินเทอร์เน็ตอย่างเป็นระบบมากขึ้น ด้วยความเร็วอินเทอร์เน็ตเริ่มต้นที่ 64 กิโลบิตต่อวินาที ในช่วงปี 2540 ได้รับการสนับสนุนช่องทางออกสู่อินเทอร์เน็ตจากโครงการพัฒนาข้อมูลข่าวสารสภากาชาดไทยบนอินเทอร์เน็ตในเครือข่ายกาญจนาภิเษกตามพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี รวมทั้งการออกสู่อินเทอร์เน็ตผ่านทางคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

ระบบงานด้านเทคโนโลยีสารสนเทศในสภากาชาดไทย ได้เริ่มมีการพัฒนามาก่อนการตั้งศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ โดยในปี 2537 ได้รับการสนับสนุนและช่วยเหลือจากหลายหน่วยงาน เช่น การพัฒนาระบบฐานข้อมูลสมาชิกสภากาชาดไทย สนับสนุนหน่วยงานต่างๆ ในสภากาชาดไทยด้วยภาษาโคบอล

ภายหลังการก่อตั้งศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ ได้มีการพัฒนาเว็บไซต์สภากาชาดไทยและระบบสารสนเทศหลักในด้านงาน เงิน คน และโครงสร้างพื้นฐานด้านเทคโนโลยีสารสนเทศ เพื่อสนับสนุนงานตามภารกิจหลักของทุกหน่วยงานในสภากาชาดไทย โดยในปี 2550 ได้แต่งตั้งคณะกรรมการพัฒนานโยบายเทคโนโลยีสารสนเทศ สภากาชาดไทย เพื่อวางนโยบายแนวทางการดำเนินงาน ภาพรวม ทิศทางองค์กรด้าน ICT เสริมความเข้มแข็งทิศทางในการพัฒนางานภาพรวมให้กับสภากาชาดไทย